Сюжет стартует через пять лет после Ураганных Хроник. Акацки повержены, но не уничтожены. Они отсиживаются в убежище и залечивают раны. Орочимару и деревня Звука бездействуют. Саске наконец-то вернулся в Коноху и был переведен в чунины. Вроде бы все спокойно, но назревает угроза. Орочимару слаб и постепенно умирает. Его место вскоре может занять Кабуто, который решил обьединиться с Акацки и захватить Коноху. Годайме знает об этом, поэтому пытается обьединиться со всеми селениями. Суна помогает Конохе в организации обороны и т.д. Но для шиноби Конохи пока настала спокойная жизнь. У них немного работы, поскольку обьединением деревень занимаются АНБУ. Наруто готовится к тому, чтобы стать Рокудайме. Скоро будут решать, кто будет Хокаге: Цунаде или кто-то другой. Остальные шиноби занимаются своими делами. Миссии, тренировки, личная жизнь и т.д.